民國九十三年四月自衛生署署立雲林醫院改制以來，急診醫學部協同院內各專科的進駐，肩負起雲林縣急、重症病患的第一線診療之重任。近年來在急診專科醫師二十四小時常駐服務之下，急診服務量逐年大幅增加，不僅在雲林縣及附近地區急、重症醫療品質的提升方面備受肯定，亦使先前至外縣市就醫的病患大幅回流。
急診醫學部之任務職責為：
(1)提供全天候、全年無休之緊急醫療照護服務。
(2)以救人為先原則，進行輕重症分流處置。
(3)配合國內緊急醫療網進行急救醫療任務。
(4)處理突發事故之大量傷患。
(5)提供急診醫療教學之臨床實習及急救訓練場地。
急診部配合院方政策，透過推動策略地圖及平衡計分卡，持續加強內部流程之建構與改善，期使醫療品質與服務水準進一步提升，以提升雲林縣急、重症醫療水準，達成服務、教學及研究之使命，進而成就台大雲林分院成為雲林及附近地區民眾最信賴醫院的願景。
