臺大醫院雲林分院於民國93年自前身行政院衛生署雲林醫院正式改制為臺大醫院雲林分院，以成為「中臺灣健康守護」為使命，秉持「正直誠信，創造卓越，團隊合作，健康尊嚴，尊重關懷」之理念已守護縣民健康逾十載。而職災勞工屬於社會的弱勢族群，尤其在非五都的縣市更讓職災勞工增加了就醫的不便利。臺大雲林分院職業傷病防治中心的設立使雲林縣、嘉義縣市、南投縣及南彰化縣之職業災害勞工能免受舟車勞頓至外縣市就診之苦，以及達到即刻接受門診診治與就近復健治療。本院將臺大總院的醫療團隊帶至雲嘉地區，希望能提升職業傷病勞工朋友的健康與安全，並得到合理的醫療照顧。包含職業醫學專科醫師、護理師、個案管理師、及連結職能治療師、復健師及心理師的專長為職業傷病之診斷治療、適當休養期間之評估、復工/配工評估、工作能力強化等，以彌補雲嘉地區職業傷病防護網之缺口，更加強保障勞工的安全，並提供職業災害勞工及家屬全方位及全人之照護服務。
基於雲林縣境內設有多處工業區，為妥適照護在地職災勞工並免除其跨區就醫之困擾，本院已於民國103年07月設立環境及職業醫學部(職業醫學科)，將服務範圍擴及職業安全衛生領域。另外因應雲嘉南地區民眾就醫需求，配合勞動部職安署規劃於103年11月10日至104年12月31日期間成為彰化基督教醫療財團法人彰化基督教醫院中區職業傷病防治中心之網絡醫院，於中臺灣地區逐步建立民眾職業傷病預防與治療概念，提供勞工可近性之職業傷病預防、診斷、評估及重建與諮詢轉介等服務。
本院自民國105年正式成立中區職業傷病防治中心後，逐年配合勞動部職業安全衛生署之政策，並積極推展院內外之活動，如105起推廣院內職業傷病轉介、建構網絡醫院；106年積極與復健部開會協調，於同年度年底正式成立本院工作強化中心；107年更將全院區院內轉介之推廣至院內各部門(如：病房書記)；108年將職災服務之網絡醫院、各縣市職災勞工個案主動服務專業服務人員及職能復健單位等資源整合，以建構職災服務資源地圖；109年試辦基層診所或醫療機構之轉銜規劃、辦理偏鄉、漁港地區之巡診宣導活動；110年更拓展基層醫療機構之連結，規劃並推動偏鄉及漁港合適之職業傷病服務模式。
本院在承接中區職業傷病防治中心期間，除了診治職業傷病勞工外，亦協助其勞工申請勞工保險之相關給付，並提供職災勞工所需之後續治療、法律諮詢等服務，延續臺大雲林分院成為「中臺灣健康守護」之使命，未來將持續提供職業疾病之預防、評估、診斷、治療、調查、通報、重建及轉介諮詢等服務，以達到區域內及網絡整合。
臺大醫院雲林分院為提供勞工職業傷病診治醫療服務，統籌及協調院內醫療資源，聯繫及合作外部相關資源，提供職業傷病之預防、診斷、治療、評估、重建與諮詢轉介等服務，並提供鄰近各縣(市)醫療機構及事業單位有關職業醫學專業諮詢與訓練服務，發揮職業傷病診治醫療認可機構於區域內職業傷病防治領導及網絡整合之重要角色，達到職業傷病勞工到院即可「一站購足」之醫療服務，更透過三段五級的概念持續推動職災勞工早期診斷早期治療，並延續本院成為「中臺灣健康守護」之使命，及秉持「正直誠信，創造卓越，團隊合作，健康尊嚴，尊重關懷」之理念，持續服務雲嘉地區之職業災害勞工，提供職業災害勞工及家屬全方位及全人之服務。
本院職業傷病診治整合服務中心將以「整合性服務」及「早期復工」之原則，建構雲嘉地區之區域網絡職業傷病照護網，陪伴每一位職業傷病勞工一路從急性醫療、復健直到重返職場這漫漫長路，皆能獲得妥善的照護與協助，並增進職業傷病勞工回復職場之比率。
而以「農」立縣的雲林縣，各鄉鎮皆有不同的特色農產品，使得雲林縣有多元的農業發展，而農作物至農產品整個生產線，不僅是種植，更有採摘、搬運、包裝、運送、販售等一連串的流程。這些過程除了常發生職業傷害（如割傷等）、農藥中毒，更有許多的人因性危害，本院將配合勞政及農政雙單位之規劃，整合縣境內之專業資源，發展屬於臺大雲林分院之特色醫療。
