本院前身為衛生署雲林醫院，設有秘書一名，2004 年由臺大接手改制後設立秘書室，隨著各階段發展完善組織至今。整個團隊目前涵蓋醫事行政組、公共事務組、文書組3 個小組。本室定位為「院內外協調整合之窗口」，擔任醫院全方位溝通協調的重要角色，務必促進各項任務都能使命必達，以提升全院整體經營管理品質。
院務的各項推動與發展、內外部顧客友善、溫馨的服務，都有秘書室努力的身影：每年精心策劃週年慶活動傳達醫院的醫療服務成果，連結在地文化，如將布袋戲元素融入醫病間感人故事，呈現在地美食餐桌等，充分發揮地方特色，活動年年創新備受好評與期待；聖誕節、春節、音樂演奏、畫展……等公共空間的裝置展出與音樂演奏，都讓醫院增添溫馨人文與美感的就醫感受。而鄉親病友的需求或關心，秘書室以細膩無形的服務連結，讓病友的就醫更順暢完整。
2020 年與腫瘤醫學部共同參與政府服務獎的籌備，以「守護大雲林的癌症照護 你農我儂不離不棄」之主題，榮獲國家發展委員會第三屆政府服務獎。也秉持堅定信念，將醫院發展的相關資料檔案，以僅僅3 年多的時間將32 萬餘件的文件檔案，依標準化作業整理歸檔，同時整建全新且符合標準的檔案管理室，將史籍檔案做整體的遷移與管理。整個過程備極艱辛且挑戰各項難關，最終將心血彙集成冊，出版《雲杏暖陽· 照亮史傳》一書，榮獲國發會檔管局第20 屆金檔獎之殊榮，為秘書室長期的默默付出寫下輝煌金色的扉頁。爾後全國又經歷COVID-19 戰役，秘書室亦協助整理醫院在COVID-19 期間的各項醫療創新與服務，完整記錄為疫情努力貢獻專業、守護鄉親健康的幕後英雄，出版《抗疫的力量》一書，為地方醫療及我國成功的抗疫成果留下寶貴的紀錄。
多年來我們不斷努力與自我突破，將繼續在未來新建的虎尾醫院做規劃，除有形的院史與醫療文物展示空間的建置，也將戮力提供各項專業細緻的醫療相關服務，希望讓鄉親透過歷史互動，對醫院有更多的理解與情感聯繫，並在專業的醫療守護下，成為民眾最信賴的大學醫院，成就醫界的桃花源夢想。
使命：提昇醫院經營管理品質、展現卓越醫療成效
核心價值：正直誠信、視病猶親
願景：醫院最佳策略執行單位
