台大醫院雲林分院小兒部目前正積極發展中，有來自台北總院小兒部全力的醫療支援，目前有專任主治醫師十二名，專長涵蓋一般兒科、新生兒科、小兒感染科、小兒神經科、血液腫瘤科、小兒心臟科、風濕免疫科及小兒腸胃科，病房設備包含一般兒科病房、嬰兒室、嬰兒病房、新生兒加護病房，期能給予寶寶最好的照顧，更提供多樣化的服務，及早發現問題並給予適當的治療。
急診部分，斗六院區提供13:00~23:00(假日及國定假日08:00~23:00)由兒科專科醫師一線看診。其他時間由急診專科醫師爲您服務，兒科醫師提供照會服務。
門診部分，斗六院區提供週一至週五白天門診及夜間門診，也於虎尾院區開設週一至週五白天時段門診(週二、四疫苗注射)，(特定疫苗有時間限制--請見 點此連結 )，期能以台大小兒部一貫的高水準醫療來服務鄰近地區的兒童。
(3A病房分機:567326,567327、3B病房分機:567331,567332;嬰兒室分機:563408,563409;小兒腦波:563501;斗六兒科門診分機:564716,564717;虎尾兒科門診分機：574716)
