本院早期稱為病歷室，業務由社會服務室負責，自 79 年 8 月正式成立病歷室專責辦理病歷管理業務，雖經 78、85 年兩次擴充病歷室空間仍感嚴重不足，乃於 90 年 7 月新醫療大樓啟用後，規劃在舊大樓門診區內擴充病歷室空間，至 91 年 3 月完成病歷室空間整修。 93 年 4 月改制台大醫院雲林分院，科室名稱由病歷室更改為醫療事務室並整併相關單位；因應102年5月因本院組織修編通過，醫療事務室由現行6組(掛號收費組、保險申報組、營養組、社會工作組、資訊組、病歷管理組)變更為3組(掛號收費組、保險申報組及社會工作組)。
台大醫院雲林分院醫療事務室組織架構圖
醫療事務室主任1人
【保險申報組17人】
【批價掛號組22人】
【社會工作組13人】
