我國政府部門主計制度草創迄今，其特質乃將歲計、會計、統計三者結合為一個整體連環運用，並著重超然公正的精神及客觀的態度，對政府機關內部組織之業務計畫、預算、財務、會計等量化資料從事忠實的登載與表達，甚至對各種事務處理程序等事項進行獨立的檢查、考核及評價，同時研究其合理性及各業務單位遵循程度，俾適時提出改進建議供機關首長或管理當局參考，促使政府資源發揮最大效用。
臺大醫院雲林分院主計室之工作任務內容，主要包含預算之編列管控、會計帳務處理與各項表報之編製、憑證與經費執行之審核、年度決算之辦理、自費醫令成本分析等業務。近年來應資訊化趨勢，全面採行「會計作業資訊系統」。
