病理學為臨床醫學的基礎，也是醫學研究中極為重要的一門學問。台大醫院雲林分院的前身是雲林署立醫院，2004年4月1日 起經奉行政院核示，正式改制為「國立臺灣大學醫學院附設醫院雲林分院」，成為臺大醫療體系的一環。
本部部於改制後陸續投入專業人力及設備，於2008年開始執行內科細胞學作業。2009年購入冰凍切片機，提供手術中緊急檢查。2009年5月通過行政院衛生署子宮頸細胞病理診斷單位審查，提供子宮頸抹片檢查服務。同年並增設自動免疫組織化學染色機，不僅縮短報告的時間、更提供診斷上更客觀的證據，同時提供臨床醫師研究需求，提升醫療品質。
《病理部發展沿革》
**1993｜病理部成立**
署立雲林醫院病理部成立
**1997–2002｜建立外科病理診斷服務**
配置病理醫師，逐步建立外科病理檢查及診斷報告服務
**2004｜改制為臺大醫院雲林分院病理部**
配合醫院改制，正式成為臺大醫療體系之一環
**2008｜擴充病理檢查服務**
開辦細胞學及免疫組織化學染色診斷服務
**2009｜建置冰凍切片及子宮頸抹片服務**
增購冰凍切片設備，並提供手術中緊急病理診斷及子宮頸抹片檢查服務
**2020｜通過 TAF ISO 15189 醫學實驗室認證**
持續強化實驗室品質管理與病理診斷品質
**2022｜持續擴充專業人力及服務量能**
因應臨床需求，逐步強化病理專業團隊及服務量能
**2026｜持續精進病理診斷與品質管理**
朝向專業化、品質化及多元病理服務持續發展
