新制醫院評鑑基準第一章醫院經營策略，明確規範出醫院應訂定醫院內部作業管理指標，定期分析、檢討、改進。對內部作業指標的分析檢討，如：檢查取消率（未完成率）、等候住院時間、等候檢查時間等。且專責人員或專責單位檢視各項指標之收集情形，並作變化分析，定期進行檢討並追蹤改善，備有紀錄可查。且將追蹤改善結果應用於制度修正，並有具體成效者。本年度醫院評鑑持續性監測指標量性指標共36項、人力指標共13項。
臺大醫院雲林分院自 100年起採用台灣臨床成效指標(Taiwan Clinical Performance Indicator, TCPI)，加入「台灣臨床成效指標計劃」(Taiwan Clinical Performance Indicator, TCPI)，該指標計劃為醫策會運用十年醫療品質指標經驗研發，並提供醫院進行機構內部成效監測及改善的機會，有助 於推動醫療品質的提昇，藉由品質指標的持續監測以達成改善，是近年來用於品質促進的重要工具之一。其中含有綜合照護及精神照護指標可反應臨床執行成效，進一步提供國內醫療院所在品質改善過程中，全面性的參考及同儕值比較。
TCPI 的指標有74 類，共549 項，其中綜合照護指標有57類，437 細項；急性精神照護指標有8 類，45 細項；長期照護標則有9 類67 細項。適用本院的指標有202 細項，從臨床服務來看TCPI 的 指標包含一般住院照護提供約束、壓瘡、跌倒、醫療裝置相關感染；加護照護指標提供了約束、壓瘡、 醫療裝置使用及相關感染、管路滑脫；手術照護指標提供預防性抗生素、手術感染、手術死亡率、非計畫性重返手術室；兒科照護指標提供兒童及新生兒死亡率、醫療裝置使用及相關感染；產科照護指標；急診照護指標提供急診處理率、急診停留時間與動向、急診留觀後動向、急診病人未完成治療即離開比率、急診返診；另外，TCPI指標著重重點照護指標，如AMI之診斷評估、治療處理、衛生教 育及預後照護，為達到及早診斷與及早再灌流的目標，讓醫院及相關醫療同業人員共同合作針對AMI 病人提供共通化、標準化、品質化的診治流程與模式。
