本部為大學附設醫院編制，致力於教學與研究，成績斐然。
於教學方面，臺大總院精神醫學部住院醫師皆須至雲林分院輪訓，接受「社區精神醫學」、「復健精神醫學」與「藥酒癮精神醫學訓練」的完整訓練，對本科之教學品質，皆給予高度評價。在社工、心理、職能、護理與其他專業之教學，亦獲得學員很高之滿意度。
在院內教學評比，張立人前主任曾榮獲臺大醫院雲林分院教學特殊優異獎內科系優良獎第一名，以及教材著作獎（獲獎著作：《25個心靈處方》）；劉孟娟專科護理師獲得臺大醫院雲林分院教學特殊優異獎護理組第一名殊榮，金美慧護理長獲得教學特殊優異獎護理組第三名殊榮。
於研究方面，進行台灣本土之量性研究，包括：學童心理創傷、接受居家治療思覺失調症患者、藥癮、身體型症狀及自律神經活性、飲食疾患等主題。近年身體型症狀與藥癮主題論文發表達十篇以上，具有國際能見度。另亦與總院成人精神科合作，進行思覺失調症基因、電生理訊號及其他研究。本部執行多項國際藥物臨床試驗計畫。
本部近年每年均有醫師以第一或通訊作者身份，發表論文於SCI國際優良期刊，並積極參與國內外學術會議。
