本院於2010年3月正式成立肺癌多專科診療團隊，依據全國推動癌症篩檢政策本院積極投入癌症篩檢服務，肺癌篩檢雖然目前未規範出應配合篩檢數量，本院仍提供低劑量之電腦斷層至民眾早期篩檢出肺癌，本院提供電腦斷層導引及最新發展之自體螢光支氣管鏡檢藉由正常細胞及異常癌細胞自體螢光特性的差異來發現異常病灶，對於異常病灶進行切片診斷來發現氣管內早期腫瘤，敏感度可達癌症前期病灶也能發現，在理論上精確度（Specificity）達100%，在此本院設立肺癌多專科團隊(見團隊簡介)及肺癌診療與治療指引，一但診斷出肺癌由腫瘤個管師主動介入關懷，提報肺癌多專科團隊討論決議此病患治療正確方向，為病患量身打造一個符合病患需要的治療方式，本院提供肺癌胸腔鏡肺葉切除設備，且與台北台大總院合作提供了最先進的且快速的基因體檢測包括EGFR、KRAS、BRAF、HER-2、ALK五大項目，並提供健保署給付用藥Gefitinib、Erlotinib、Giotrif、Xalkori以利在晚期病患在不影響生活品質狀況下控制病情，同時具備醫學中心同等級多種化學治療用藥，血管抗體輔助化療標靶用藥，進而讓本院99-101年起3年第四期存活率22.03%，遠高於全國平均存活率14.31%，不分期別存活率更是締造32.33%高於全國存活率總平均值29.54%，與醫學中心32.63%幾乎是並駕齊驅，可呼是本院擁有準醫學中心級之醫療技術，醫院也主動監測到99-100年肺癌第3期存活率24%低於全國平均值部分，加以檢討、改善、分析，針對病患體力、營養部分醫院特別聘請專業級腫瘤營養師為病患提供正確的營養支持照護，目前也針對在「飲食衛教介入對於第三期非小細胞肺癌病人治癒性CCRT的營養狀態改善及預後影響之成效分析」執行中，提供此類病患足夠營養補充，以提升病患體力進而如期完成治療，同時也提供心理師、社工師服務，還有腫瘤個管師持續耐心的說明及關懷追蹤來提高初診斷病友疾病治療之信心。
目前本院擁有全雲林縣唯一直線加速器之設備供雲嘉地區民眾就近治療，且目前腫瘤科醫師皆同時在台大總院同步看診，當病患需臨床試驗之資訊及醫療需求時，本院也能會在適當時機轉介不讓醫療上會有錯失治療時機，團隊成立迄今6年通過2次全國性癌症診療品質認證，獲評鑑委員肯定，持續密切監測提升品質之品管性指標，有自信能提升病患治療上及照護上醫療品質，成為民眾最信賴與愛戴的大學醫院。
