2003年12月1日：通過經濟部中華民國認證體系CNLA-ISO 17025認證共22項
2004年：改制，更名臨床病理科(Clinical Pathology)
2005年：成立雲林縣唯一TB實驗室
2007年8月：成立虎尾院區實驗室
2007年2月16日：通過全國認證基金會TAF延展ISO 15189認證共49項
2009年5月25日：虎尾院區成立血清病毒實驗室
2009年8月：擴編更名為檢驗醫學部(Laboratory Medicine)
2009年10月21日：通過行政院衛生署的傳染病檢驗機構認可實驗室
2010年8月：通過全國認證基金會TAF延展ISO 15189認證共82項
2010年8月17日：衛生署「糞便潛血檢驗醫事機構認證」」
2011年8月1日:簡毓芬主任轉任行政祕書，由謝月貞主任接任
2020年4月:成立雲林縣第一家 「 SARS-CoV-2檢測實驗室」
2020年: 「學習不打烊-教學 e 起來行動 APP」榮獲國家醫療品質獎智慧醫療類標章、「搶救黃金急診檢驗時效 」榮獲國家醫療品質獎主題類競賽潛力獎 、「輸血救命〜全方位智慧守護」榮獲 SNQ國家品質標章
2021年:「降低抽血等候時間逾時率」榮獲台灣健康照護品質管理競賽銅獎
2022年:「攜手婦產科診所-以智慧輸血救護」榮獲 TSAA臺灣永續行動獎銀獎、「改善影像檢查排程前檢驗完成率」 榮獲台灣健康照護品質管理競賽佳作 、「攜手婦產科診所-以智慧輸血救護」 榮獲 SNQ國家品質標章
2023年:中部首家登革熱傳染病認可實驗室、「建立數位化血品調度平台-提升診所產婦輸血安全」榮獲國家醫療品質獎主題類競賽金獎
